Obec Dlhé Klčovo leží v severovýchodnom výbežku Východoslovenskej nížiny, ktorá sa výrazne odlišuje od ostatných nívin na Slovensku hydrologickým režimom a ťažkými pôdami. V chotári sú prevažne nivné pôdy na nekarbonátových nivných sedimentoch. Z nerastných surovín sa pod obcou nachádzajú zásoby soli (v hlbke 600 az 700 m) a plynu. Odlesnené územie je tvorené rovinnou nivou s nadmorskou výškou 106 - 120 m. Podnebie má subkontinentálny charakter. Zasahuje sem teplá klimatická oblasť, mierne vlhká z miernou zimou. Ročný úhrn zrážok sa pohybuje v rozmedzí od 550 do 600 mm.

Zfytogeografického hľadiska patrí táto oblasť do panónskej oblasti. O pôvodných prírodných pomeroch môžeme dnes usudzovať už len z malých zvyškov zachovalých biotopov a jednotlivých organizmov, ktoré sú typické pre Východoslovenskú nížinu a nepochybne tu boli v minulosti zastúpené v oveľa väčšej miere. Týka sa to predovšetkým lužných lesov, podmáčaných lúk a močiarov.

Výsledkom dlhodobej činnosti človeka a jeho pôsobenia na krajinu bol zánik mnohých biotopov. Pôvodný dubovo-hrabový les so zastúpením duba letného, duba zimného, hrabu obyčajného a javora poľného sa vyskytuje už len sporadicky v Pozdišovskej pahorkatine. Odlesnené plochy od týchto lesoch sú intenzívne poľnohospodársky využívané.

Medzi brehovými porastami Ondavy sa torzovito nachádzajú pozostatky lužného lesa s dominantnou jelšou lepkavou, vŕbou bielou, vŕbou krehkou. Vzácne je zastúpený dub letný. V krovinatej etáži sa nachádzajú - plamienok plotný, ježatec laločnatý, chmeľ obyčajný, báza čierna, krušina jelšová, bršlen európsky. V bylinnom poraste sú zastúpené hlavne netýkavka málokvetá, fialka pravá, hluchavka škvrnitá, hviezdica hájna, pľúcnik lekársky, kostrava obrovská, lipkavec potočný. Nápadné sú porasty ibiša lekárskeho a netýkavky žliazkatej. Všeobecne je známe, že na vlhkých stanovištiach sa nachádzali botanicky pestré lúčne porasty so psiarkou lúčnou, ktoré už dnes nájdeme iba v priekopoch pri cestách. Rozsiahle rekultivácie boli príčinou zániku niektorých vzácnych rastlinných spoločenstiev s bleduľou jarnou, korunkou strakatou a ľaliov zlatohlavou. Iné rastlinné spoločenstvá si osvojili náhradné stanovištia, akými sú zavlažovacie kanály so stabilným vodným režimom. Rastie tu šípovka vodná, kosatec žltý, žabník skorocelový, iskerník jedovatý, okrasa okolikatá, pálka širokolistá, trsť obyčajná a rôzne druhy ostríc

Súčasné druhové zloženie fauny Dlhého Klčova a okolia je podmienené geomorfologickými pomermi , rastlinným krytom a činnosťou človeka. Vzhľadom na to, že celý chotár je odlesnený a premenený na poľnohospodársku pôdu, kde rozptýlenú zeleň predstavujú len vetrolamy, kroviská popri mŕtvych ramenách, odvodňovacích kanáloch a brehové porasty, je druhová skladba živočíchov pomerne chudobná.

Veľmi málo je údajov o výskyte bezstavovcov. Zaujímavé sú nálezy korytnačky močiarnej v mŕtvom ramene. Vzhľadom na charakter biotopu je pravdepodobné, že boli sem umelo vysunuté. Zo skupiny stavovcou sú dobre preskúmané vtáky a cicavce. Najpestrejšia druhová skladba živočíchov v intraviláne obce.

Z cicavcov ľudské príbytky celoročne obýva myš domová a potkan obyčajný. V podkrovných priestoroch domov nachádzajú svoje úkryty netopiere. Sú to hlavne večernice pozdné a večernice malé. V stromových dutinách sa ukrývajú raniaky hrdzavé a netopiere voľné, loviace nad vodnými plochami. Na poliach a medziach žije hraboš poľný, ryšavka žltohrdlá zriedkavejšie chrčok poľný a lasica obyčajná. Brehové porasty obýva piskor malý, piskor obyčajný, bielozúbka bielobruchá, myška drobná a ryšavka tmavopása. V brehoch riek a kanálov si vyrýva svoje nory ondatra pižmová. Z poľovnej zveri tu žije srnec lesný, diviak obyčajný, zajac poľný, kuna skalná, prechodne aj jeleň obyčajný.

Najpestrejší je svet vtáctva. V okolí Ondavy a Tople môžeme počas ťahu pozorovaťvolavky popolavé, chavkoše nočné, chochlačky sivé, chochlačky vrkočaté a kalužiaky malé. Trsťové a ostricové porasty slepých ramien a kanálov občas využíva na hniezdenie kačica divá, liska čierna a sliepočka vodná. Pravidelným hniezdičkom v obci je bocian biely. V minulosti tu hniezdila početná kolónia, v súčasnosti tri páry na umelých podložkách.

Z dravcov sem za potravou zalieta jastrab veľký, jastrab krahulec, orol krikľavý, kaňa popolavá, kaňa močiarna. Vo vetrolamoch hniezdisokol myšiar a myšiak hôrny. Na jar a v jeseni prelietavajú ponad obec početné kŕdle husi siatinnej a žeriavov popolavých. Počas orby zbierajú za traktormi potravu čajky smejivé.

Podmáčané miesta na poliach využíva na hniezdenie cibík chochlatý, zriedkavejšie chrapkáč poľný , suchšie miesta bažant obyčajný, jarabica obyčajná a prepelica poľná. Z holubov tu žije holub hrivnák, hrdlička záhradná a hrdlička poľná. Bežná je kukučka obyčajná. Po nociach sa v obci ozýva kuvik obyčajný a myšiarka ušatá, ktorá môže v zime vytvárať početné kŕdle v záhradách na ihličnatých alebo ovocných stromoch. V hlinitých brehoch Ondavy si vyrýva svoje nory rybárik obyčajný a brehuľa obyčajná. V stromoch si vytesáva hniezdne dutiny ďateť veľký, ďateľ hnedkavý, zriedkavejšie ďateľ malý a krutohlav obyčajný. Na poliach od skorej jari spieva škovránok poľný. Pod strechami domov si lepia z hliny hiezda belorítky obyčajné, v hospodárskych budovách lastovičky obyčajné. Na stožiari vysokého napätia dlhé roky hniezdi pár krkavca čierneho, vo vetrolamoch je bežná vrana obyčajná. V stromových dutinách pri družstve v minulosti vyvádzali svoje mláďatá kavky obyčajné. Bežným druhom je straka obyčajná. V zime vytvárajú obrovské kŕdle havrany poľné, ktoré prilietajú zo severu.

Z drobných spevavcou v obci a jej okolí hniezdi sýkorka veľká, sýkorka belasá, drozd čvikotavý, drozd čierny, pŕhliavar čiernohlavý, žltochost domový, penica čiernohlavá, penica obyčajná, kolibiarik čipkavý, muchár sivý, trasochvost biely, trasochvost žltý, strašok obyčajný, škorec obyčajný, vrabec poľný, vrabec domový, stehlík obyčajný, stehlík konôpkár, stehlík zelienka, konárik poľný, pinka obyčajná a strnádka obyčajná. V brehových porastoch sa k ním pripája trsteniarik obyčajný, trsteniarik malý, vlha obyčajná, sýkora hôrna, kúdelníčka lužná, mlynárka dlhochvostá, slávik veľký, slávik obyčajný, ľabtuška hôrna, strnádka trstinová